Nach der Reformation und der damit einhergehenden Säkularisation der Klöster richtete Kurfürst Moritz von Sachsen 1550 in dem leer stehenden Gebäude der Augustiner eine Landesschule ein. Es war nach St. Afra in Meißen und Schulpforta bei Naumburg, welche seit 1543 bestanden, die dritte Neugründung durch diesen fortschrittlichen Landesherrn. Dabei handelte es sich um die ersten staatlichen Schulen mit humanistischen Bildungsansprüchen.
Das Aufnahmekriterium war allein die Begabung und nicht der Stand oder das Vermögen der Eltern. Über die Hälfte der Schüler bekam eine Freistelle, d. h. dass die Eltern für ihre Kinder kein Kostgeld zu entrichten hatten. Die Unterkunft war ebenfalls umsonst. In diesen Landesschulen wurden begabte Knaben während einer 6-jährigen Ausbildung auf ein Universitätsstudium in Leipzig oder Wittenberg vorbereitet. Bei ihrem Eintritt waren die Schüler in einem Alter von 13-15 Jahren.
Der säkularisierte Klosterbesitz der Zisterzienserinnen in Nimbschen bildete die materielle Grundlage für die Schule. Diesen übertrug der Kurfürst der für sein Land so wichtigen Bildungseinrichtung. Damit wurden die Klosterdörfer zu Schulamtsdörfern, welche nun ihre Dienste und Zinsen an die Schule zu entrichten hatten.
Weitere Einnahmen erhielt die Schule aus dem ehemaligen Kloster Buch bei Leisnig. Die Schule ersteigerte das Gut 1663 für 16000 Gulden. Ein Verwalter leitete die Güter. Er war auch für die Versorgung der ca. 100 Knaben, der Lehrer und der Angestellten verantwortlich.
Zum ersten Rektor wurde der bedeutende Schulpädagoge Adam Siber
berufen. Seine 1553 erarbeitete Haus- und Schulordnung galt als
beispielgebend für andere Schulen im Land.
Berühmte Schüler waren der
Liederdichter und Theologe Paul Gerhardt, der Philosoph Samuel
Pufendorf, der Schulpädagoge Gustav Friedrich Dinter sowie der
Naturwissenschaftler Eduard Friedrich Pöppig. Der Neubau des
Schulgebäudes in den Jahren 1820-28 ersetzte die alten brüchigen
Klostermauern.
Die Zahl der Schüler vergrößerte sich, so dass auch dieser Bau schon bald nicht mehr den gestiegenen Anforderungen genügte. 1887 begann man mit dem heutigen Neorenaissance-Bau. An den Einweihungsfeierlichkeiten am 23./24. September 1891 nahm König Albert persönlich teil. Im Jahr 2000 feierte das Gymnasium St. Augustin seine 450-jährige Schultradition.